Direktive o staništima i pticama, iako donesene u razmaku od 13 godina, postavljaju jednak set pravila, kreiranih kako bi ocuvala najosjetljivije europske biljke, životinje i stanišne tipove. S jedne strane, one štite vrste kao takve pa je namjerno hvatanje, ubijanje ili sakupljanje pojedinih vrsta strogo zabranjeno osim ako ne postoji opravdan razlog (npr. zdravlje ljudi). Aktivnosti kao što su lov i ribolov takoder su regulirane na nacin da budu održive.

S druge strane, direktive zašticuju kljucna podrucja za vrste i stanišne tipove kao podrucja NATURA 2000. Ta podrucja mogu biti, na primjer, važna podrucja za gniježdenje, hranjenje ili odmaranje rijetkih vrsta ptica ili podrucja na kojima još uvijek opstaju rijetki stanišni tipovi poput bogatih travnjaka i prirodnih šuma.

Upravljanje podrucjem NATURA 2000 mora biti takvo da osigurava dugorocan opstanak ciljnih vrsta i stanišnih tipova (CVS) za doticno podrucje što podrazumijeva sljedece: Izbjegavanje štetnih aktivnosti koje mogu ozbiljno zaprijetiti opstanku ciljnih vrsta i stanišnih tipova;
gdje je to potrebno, poduzimaju se takve mjere koje ce održati ili obnoviti stanje vrsta i stanišnih tipova u "povoljnom statusu zaštite" u njihovom prirodnom arealu.

Kako ce se sve navedeno postici ovisi o karakteristikama pojedinog podrucja. Neka su podrucja vrlo mala (nekoliko hektara), neka su prostrana i vec zašticena prema Zakonu o zaštiti prirode kao na primjer Park prirode Velebit, pojedina podrucja su podzemna (špilje) ili se nalaze u moru.
Vecina ce podrucja ciniti sastavni dio krajolika i u njima ce se i dalje provoditi gospodarske djelatnosti (poljoprivreda, šumarstvo, ribarstvo, rekreativne aktivnosti itd.). Dapace, mnoga su podrucja NATURA 2000 vrijedna upravo zato jer su od davnina gospodarena. U takvim slucajevima treba osigurati odvijanje tih djelatnosti i u buducnosti.