Ocjena utjecaja planova i projekata na NATURA 2000 podrucja propisana je EU Direktivom o staništima (92/43/EEC), posebno clankom 6(3) i 6(4). Cilj tih odredbi je otkriti negativni utjecaj planova i projekata na koherentnost mreže NATURA 2000 kroz postupak ocjene prihvatljivosti njihovih ucinaka na integritet Natura 2000 podrucja odnosno vrsta i staništa koji su ciljevi ocuvanja. Ako negativni utjecaj postoji, takvi planovi i projekti moraju se izbjeci ili izmijeniti., ili u slucaju da se utvrde imperativni razlozi prevladavajuceg javnog interesa moraju se provest odgovarajuci kompenzacijski uvjeti kako bi se osigurala cjelovitost ekološke mreže NATURA 2000.

Glavne karakteristike ocjene prihvatljivosti zahvata za prirodu (u daljnjem tekstu: Ocjena) su:

• Ocjena se odnosi samo na utjecaj planova i projekata na vrste i stanišne tipove koji se nalaze na popisu Dodataka Direktive o staništima i Direktive o pticama, a ne na sva staništa i vrste koji se pojavljuju na doticnom podrucju.
• Ocjena se radi za sve planove i projekte koji mogu imati utjecaj na NATURA 2000 vrste i staništa. Planovi i projekti koji su povezani ili nužni za upravljanje podrucjem ne moraju proci Ocjenu.
• Moraju se ocijeniti svi moguci utjecaji: direktni, indirektni i kumulativni. Položaj zahvata nije odlucujuci. Projekti koji su izvan podrucja ekološke mreže (npr. nalaze se uzvodno na/uz rijeku), a mogu na njega imati utjecaj, takoder moraju proci Ocjenu jer bez obzira na položaj mogu imati utjecaj na podrucje ekološke mreže.
• Ocjena mora donijeti jasni zakljucak o tome ima li plan ili projekt znacajan negativan utjecaj na NATURA 2000 podrucje. Ako nema, projekt se odobrava odnosno ne odobrava u slucaju da znacajan negativni utjecaj postoji.
• Rezultat ocjene nije zakljucan u slucaju utvrdivanja imperativnih razloga prevladavajuceg javnog interesa. U tom slucaju, ako postoje imperativni razlozi prevladavajuceg javnog interesa koji se mogu odnositi na zdravlje ljudi, javnu sigurnost, postizanje bitno povoljnijih uvjeta za okoliš i drugih ukljucujuci one gospodarske i socijalne naravi ili zbog pomanjkanja drugih pogodnih mogucnosti, projekt se može dopustiti. U tom se slucaju utvrduju kompenzacijski uvjeti.
• Princip predostrožnosti nalaže da ako se negativni ucinci ne mogu iskljuciti, zbog nedostatnih ili nepreciznih podataka, ocuvanje NATURA 2000 mora prevladati.