Važno je napomenuti da iako su ocjena prihvatljivosti zahvata za prirodu (EU Habitats directive (92/43/EEC)), procjena utjecaja na okoliš (EIA directive) i strateška ocjena utjecaj na okoliš (SEA Directive) slicni u strukturi i imaju dosta poveznica, no to su razliciti postupci s drugacijim ciljevima te PUO/SUO ne može zamijeniti niti jedan dio OPZP-a i obrnuto.

Ocjena prihvatljivosti zahvata za prirodu ne bavi se ocjenom utjecaja zahvata na sve elemente biološke i krajobrazne raznolikosti ili nekog podrucja kao što je to slucaj pri procjeni utjecaja zahvata na okoliš. Cak je i obavezno poglavlje PUO-a o bioraznolikosti puno šireg opsega (sve vrste i staništa na podrucju studije) nego OPZP koji ocjenjuje prihvatljivost zahvata samo za vrste i staništa koji su ciljevi ocuvanja nekog podrucja NATURA 2000 i utjecaj na njegov integritet. Medutim, OPZP mora napraviti detaljnu ocjenu (koristeci princip predostrožnosti) i dati jasan zakljucak – da li je plan ili projekt prihvatljiv ili ne (odnosno da li negativan utjecaj na NATURA 2000 podrucje postoji ili ne).

Rezultat OPZP-a je obvezujuci te se u slucaju negativne ocjene projekt mora odbiti To je vrlo znacajna razlika jer rezultat PUO/SUO s obzirom na bioraznolikost nije obvezujuci (služi kao preporuka pri pripremi i izvedbi projekta) i projekt se može izvesti iako znacajan negativni utjecaj postoji. Medutim, obje su ocjene slicne u proceduri i mogu biti integrirane u jedan postupak pod uvjetom da se u studiji PUO/SUO, OPZP jasno odvoji kao zaseban dio, što je i praksa u mnogim zemljama Europske Unije.